До назначения в Роскосмос Баканов работал в Минтрансе, куда он пришел в августе 2019 года на пост директора департамента цифровой трансформации.
В его обязанности входило внедрение инновационных решений в транспортный сектор, включая железнодорожный, авиационный и морской.
В апреле 2022 года он занял должность заместителя министра транспорта России.
Дмитрий Баканов не раз посещал Петербург, где обсуждал результаты цифровизации и реализации приоритетных проектов в транспортной отрасли.
В 2023 году он отметил, что город стал одним из лидеров в рейтинге «цифровой зрелости» в сфере «Транспорт и логистика».
Вице-губернатор Петербурга Кирилл Поляков вместе с Бакановым принимал участие в торжественном мероприятии в честь Дня работника автомобильного и городского пассажирского транспорта в октябре 2024 года.
Через месяц, в ноябре того же года, Валентин Енокаев, глава комитета по транспорту города, продемонстрировал ему работу новой системы оплаты проезда по геолокации «Open loop».
До работы в Минтрансе Баканов с 2011 по 2019 год возглавлял спутниковую систему «Гонец».
Дмитрий Баканов (в центре слева), Валентин Енокаев (в центре справа). Фото: пресс-служба комитета по транспорту Петербурга